北部灣港防城港碼頭有限公司（以下簡稱“防城港碼頭）成立于2001年6月，現是廣西北部灣國際港務集團有限公司港口板塊北部灣港股份有限公司的全資子公司，主要從事碼頭運營管理。按照北部灣港一港三域八港區協調發展布局，防城港碼頭主要發展大宗干散貨業務，兼顧臨港企業、鐵路散裝集疏運、?；返缺镜鼐哂袃瀯莸募b箱業務。目前海運開辟有聯接“珠三角”、“長三角”、環渤海灣等經濟圈的國內航線，并已與100多個國家和地區的250個港口通航，海運網絡覆蓋全球，鐵路運輸經南防線、黎欽線與全國鐵路相聯，致力于提升港口大型化、專業化、智慧化水平，建成設施一流、技術一流、管理一流、服務一流的北部灣國際門戶港和國際樞紐海港，積極服務西部陸海新通道。
防城港碼頭現有生產性泊位44個，其中萬噸級以上泊位39個，10萬噸級以上泊位11個（20萬噸級泊位3個），主航道為20萬噸級航道，水深-17.9米。擁有鐵礦石、煤炭、糧食、硫磷、液體化工等10個專業化碼頭和5個集裝箱泊位。港區總面積近17平方公里，碼頭岸線11.6公里，倉儲面積約700萬平方米，一次性倉儲能力超過1700萬噸。年吞吐能力1.5億噸以上，其中集裝箱通過能力超過200萬標準箱，鐵路運輸能力9000萬噸。
目前防城港碼頭已建成一批大型的鐵礦石、煤炭、硫磺、糧食、化肥、液體化工等貨種的專用倉儲和裝卸船系統，是國家重要的建材進出口基地、糧油加工基地、煤炭儲備配送中心。開通了“錦州港-防城港”內貿糧食班輪，以及“防城港-昆明”集裝箱糧食鐵路運輸專列，進一步深化“北糧南運、南糧西進”戰略，積極開展配礦業務，正在大力打造防城港糧食交易市場和鐵礦配礦貿易集散地。防城港漁澫港區第三個20萬噸級泊位--401號泊位配套的中心堆場是迄今為止領先于國內的大型數字化散貨專業化堆場。
自2020年港區貨物吞吐量首次突破1億噸以來，防城港碼頭實現貨物吞吐量持續增長，2022年完成貨物吞吐量達1.21億噸，三年來貨物吞吐量增長超過20%，其中集裝箱完成90.37萬TEU，三年來增長超過50%。2023年，完成貨物吞吐量1.32億噸，同比增長9.5%；其中集裝箱吞吐量完成93.2萬TEU，同比增長3.1%。
北部灣拖船（防城港）有限公司成立于2003年10月28日，2004年1月1日正式營業，是中外合資企業，由北部灣港股份有限公司和華南拖船有限公司共同出資組建。2023年10月31日， 北部灣港股份有限公司將北部灣拖船（防城港）有限公司委托防城港碼頭管理，目前擁有全回旋拖輪12艘，馬力5600匹2艘、馬力5535匹2艘、馬力4400匹1艘、馬力4340匹4艘、馬力3840匹1艘、馬力3600匹1艘、馬力2840匹1艘。
曾獲“國家海上搜救獎勵”“廣西應對突發事件突出貢獻先進集體”等榮譽稱號。
